De Waddenzee (Duits: Wattenmeer; Laagduits: Wattensee of Waddenzee; Deens: Vadehavet; Westfries: Waadsee; Noordfries: di Heef) is een intergetijdengebied in het zuidoostelijke deel van de Noordzee. Het ligt tussen de kust van noordwestelijk continentaal Europa en het bereik van laaggelegen Friese eilanden en vormt een ondiep water met wadplaten en wetlands. Het heeft een hoge biologische diversiteit en is een belangrijk gebied voor zowel broed- als trekvogels. In 2009 zijn de Nederlandse en Duitse delen van de Waddenzee ingeschreven op de Werelderfgoedlijst van UNESCO en in juni 2014 is het Deense deel toegevoegd.
De Waddenzee strekt zich uit van Den Helder, in het noordwesten van Nederland, langs de grote riviermondingen van Duitsland tot de noordgrens bij Skallingen in Denemarken langs een totale kustlijn van ongeveer 500 km (310 mijl) en een totale oppervlakte van ongeveer 10.000 km2 (3.900 vierkante mijl). Binnen Nederland wordt het vanaf het IJsselmeer begrensd door de Afsluitdijk. Historisch gezien werden de kustgebieden vaak blootgesteld aan grote overstromingen, met duizenden doden tot gevolg, waaronder de Sint Marcellus-overstroming van 1219, de Burchardi-overstroming van 1634 en de Kerstoverstroming van 1717. Sommige hiervan hebben ook de kustlijn aanzienlijk veranderd. Er zijn tal van dijken en dammen aangelegd, met als gevolg dat recente overstromingen hebben geleid tot weinig of geen dodelijke slachtoffers (ook al zijn sommige dijken in de recente geschiedenis zelden en plaatselijk overschreden). Dit maakt het een van de meest door mensen veranderde habitats op aarde.
Natuur
Milieu
Het woord wad (Nederduits en Duits: Watt, Deens: Vade). Het gebied kenmerkt zich door uitgestrekte wadplaten, diepere wadloopgraven (wadkreekjes) en de eilanden die zich daarin bevinden, een gebied dat voortdurend wordt betwist door land en zee.
Het landschap is voor een groot deel gevormd door stormvloeden in de 10e tot 14e eeuw, die overstroomden en voormalig veenland achter de kustduinen afvoeren. De huidige eilanden zijn een overblijfsel van de voormalige kustduinen.
Richting de Noordzee worden de eilanden gekenmerkt door duinen en brede zandstranden, en richting de Waddenzee een lage getijdenkust. De impact van golven en stromingen die sedimenten afvoeren, verandert langzaam zowel de landmassa als de kustlijn. Zo zijn de eilanden Vlieland en Ameland door de eeuwen heen oostwaarts getrokken, aan de ene kant landverliezend en aan de andere kant toegevoegd.
Fauna
De Waddenzee staat bekend om zijn rijke flora en fauna, vooral vogels. Honderdduizenden steltlopers, eenden en ganzen gebruiken het gebied als tussenstop voor migratie of overwintering. Het is ook een rijk leefgebied voor meeuwen en sterns, evenals een paar soorten reigers, Euraziatische lepelaars en roofvogels, waaronder een kleine en groeiende broedende populatie zeearenden. Maar de biodiversiteit van de Waddenzee is tegenwoordig kleiner dan ooit; voor vogels waren grotere flamingo’s en Dalmatische pelikanen ook gebruikelijk, althans tijdens het klimaat in het Holoceen, wanneer het klimaat warmer was. Hier zijn nog enkele regionaal uitgestorven soorten te vinden.
Grotere vissen, waaronder roggen, Atlantische zalm en beekforel, zijn nog steeds aanwezig in verschillende delen van de Waddenzee, maar andere zoals de Europese steur overleven alleen in de regio door een herintroductieproject. De enige overgebleven natuurlijke populatie van houting ter wereld overleeft in het Deense deel van de Waddenzee en het is gebruikt als basis voor herintroducties verder naar het zuiden, maar er blijft aanzienlijke taxonomische verwarring bestaan over zijn status (of het nu hetzelfde is als de houting die ooit leefde verder naar het zuiden in de Waddenzee). Europese oester vormde ooit grote bodems in de regio en was tot enkele decennia geleden nog aanwezig toen hij werd uitgeroeid door een combinatie van ziekten en de aanhoudende verspreiding van de invasieve Pacifische oester, die nu grote bodems vormt in de Waddenzee. Vooral het zuidwestelijke deel van de Waddenzee is sterk verminderd. Historisch gezien was de Rijn veruit de belangrijkste rivier die in dit deel stroomde, maar door dammen is deze sterk verminderd. Als gevolg hiervan loopt ongeveer 90% van alle soorten die van oudsher dat deel van de Waddenzee bewoonden gevaar.
Waddenzee is een belangrijk leefgebied voor zowel haven- als grijze zeehonden. Bruinvissen en witsnuitdolfijnen zijn de enige walvisachtigen van de zee. Ze waren ooit uitgestorven in het zuidelijke deel van de zee, maar hebben dat gebied ook opnieuw gekoloniseerd. Veel andere walvisachtigen bezoeken alleen seizoensgebonden of af en toe. In de vroege geschiedenis waren Noord-Atlantische walvissen en grijze walvissen aanwezig in de regio, misschien gebruikmakend van het ondiepe, kalme water voor voeding en fok. Theoretisch wordt aangenomen dat ze in de Middeleeuwen in deze regio met uitsterven zijn opgejaagd door walvisvaarders. Ze worden over het algemeen als lang uitgestorven beschouwd in de regio, maar in Nederland werd in juli 2005 nabij de stranden op Texel op de Westfriese eilanden en bij Steenbanken, Schouwen-Duiveland een mogelijke walvis waargenomen. Recente toename van het aantal Noord-Atlantische bultruggen walvissen en dwergvinvissen hebben mogelijk geleid tot meer bezoeken en mogelijke herkolonisatie door de soort in de gebieden rond Marsdiep. Toekomstig herstel van ooit uitgestorven lokale tuimelaars wordt ook verwacht.
Bedreigingen voor het ecosysteem
Een aantal door de mens geïntroduceerde invasieve soorten, waaronder algen, planten en kleinere organismen, veroorzaken negatieve effecten op inheemse soorten.
Behoud
Elk van de drie landen heeft Ramsar-locaties in de regio aangewezen (zie Nationale Parken Waddenzee).
Hoewel de Waddenzee nog niet op de lijst van grensoverschrijdende Ramsar-gebieden staat, wordt een groot deel van de Waddenzee beschermd in samenwerking met alle drie de landen. De regeringen van Nederland, Denemarken en Duitsland werken sinds 1978 samen aan de bescherming en instandhouding van de Waddenzee. Samenwerking omvat beheer, monitoring en onderzoek, evenals politieke aangelegenheden. Bovendien werd in 1982 een gezamenlijke verklaring over de bescherming van de Waddenzee overeengekomen om de activiteiten en maatregelen ter bescherming van de Waddenzee te coördineren. In 1997 is een Trilateraal Waddenzeeplan goedgekeurd.
In 1986 werd het Waddenzeegebied door UNESCO uitgeroepen tot biosfeerreservaat.
In juni 2009 werd de Waddenzee (bestaande uit het Nederlandse Waddenbeschermingsgebied en de Duitse Nationale Parken Waddenzee van Nedersaksen en Sleeswijk-Holstein) door UNESCO op de Werelderfgoedlijst geplaatst. Het Deense deel is in 2014 aan de site toegevoegd.
Recreatie
Veel van de eilanden zijn sinds de 19e eeuw populaire badplaatsen.
Wadlopen, d.w.z. bij eb op het zand lopen, is populair geworden in de Waddenzee.
Het is ook een populaire regio voor pleziervaart.